Добрый день.
Не очень понятно, что у вас в каком документе написано). Акт оформлен на сумму вознаграждения, а отчет на сумму возмещаемых расходов? Или оба документа идентичны?
Но в любом случае вы можете провести все одним документом поступления, можно двумя, как вам удобно. Выделять или нет в своем учете вознаграждение экспедитора зависит от того, насколько детализирован ваш аналитический учет. Если важно выделение в учете вознаграждения - выделяйте, если важна общая сумма затрат на перевозку, можно оприходовать одной строкой.