Добрый день!
То есть по документам товара нет, а в наличии есть, и вы хотите этот товар продать?
Как известно, "чтобы продать что-то ненужное, надо сначала купить что-то ненужное".
Вам товар надо в любом случае как-нибудь оприходовать. Счет-то вы выставить сможете, не имея товара на балансе, а вот отгрузить его - уже нет.
Откуда он вообще взялся? Кто собственник товара? ООО может купить этот товар у собственника - физлица, в принципе. Опишите подробнее ситуацию.
Остатки вы ввести не можете, так как у вас новое ООО, как я поняла, поэтому и остатков (они же остатки - то есть остаются от чего-то) нет.