Безопаснее будет не игнорировать просьбы налоговиков разъяснить ситуацию. Так как высокий удельный вес вычетов будет свидетельствовать о низкой налоговой нагрузке организации. Соответственно, это будет отличным поводом для вызова вашего генерального директора на заседание комиссии по легализации налоговой базы либо повлечет выездную проверку. Лучше всего, если вы отправите в налоговую письменные разъяснения к декларации по НДС. Делается это в произвольной форме. Причем безопаснее будет отправить пояснения по завышению суммы НДС, подлежащей вычету, в течение 5 рабочих дней со дня получения вами требования либо в этот же срок подать уточненную декларацию по НДС (п.6 ст. 6.1 и п.3 ст. 88 НК РФ). Возможно, в запросе будет указан другой срок, тогда ориентируйтесь на него.
Помните, что в пояснениях вы должны указывать конкретные причины, из-за которых доля вычетов увеличилась в этом квартале. В вашем случае нужно указать, что было куплено дорогостоящее оборудование. Очевидно, что такая покупка приведет к временному перекосу между начислением НДС и возмещением налога из бюджета. Избегайте общих фраз, типо, «вычет входного НДС - это законное право налогоплательщика». Или что "глава 21 НК РФ не ограничивает долю вычетов по НДС, которую организация имеет право заявить в декларации". Указывайте, что ваша организация приобрела дорогостоящее оборудование, поэтому вы его показываете конкретно в этом квартале. Не забудьте приложить соответствующие документы.