Перерасчет налоговой базы по кадастровой стоимости при продаже недвижимости предусмотрен НК только для НДФЛ.
Для целей исчисления налога на прибыль налоговые органы могут проверить цены лишь в случаях, перечисленных в ст 40 НК:
1) продажа взаимозависимым лицам;
2) бартер;
3) внешнеторговые слелки;
4) отклонение более чем на 20% от цен, применяемых налогоплательщиком при продаже идентичных товаров.
При этом, кадастровая стоимость не может лечь в основу перерасчета.
Если ни один из перечисленных пунктов к вам не применим, пересчитать вам налоговую базу по налогу на прибыль не могут.
Есть особенности для учета убытка от продажи основных средств, но, опять же, это никак не связано с кадастровой стоимостью недвижимости.
Если хотите подстраховаться, можете перед продажей сделать независимую оценку здания.