Раздел 2 я даже не смотрю, что заполнила программа. Если какие-то блоки совпали - удивляюсь)
А вот раздел 1 заполняет более менее верно, но все равно всегда проверяю.
Раздел 2 должен совпадать с уплатами по счету 68.01 за отчетный квартал, если, конечно, вы платите правильно. И за исключением описанного вами случая (крайний срок уплаты - 1 июля, а вы оплатили в июне). Я проверяю карточку счета.
Раздел 1 тоже в общем случае должен совпасть с обротами по 68 счету: строки 040 и 070. Опять же, если вы платите, как положено и зарплату и налоги.