Тут многое зависит от специфики: в 6-НДФЛ попадают выплаты не только по зарплате, но и все прочие, по которым организация является налоговым агентом по НДФЛ. То есть и ГПД, и прочие какие-нибудь расчеты с работниками. То есть не только то, что отражается по счету 70. Кроме того, счета 70, 50, 51 идут без НДФЛ (если вы о выплате зарплаты), а в расчете все суммы с НДФЛ. Я проверяю и сравниваю счет 68.
В общем, как сам расчет 6-НДФЛ почти ручной, так и проверка по нему со счетами - тоже почти ручная. По крайней мере я, на тех фирмах, где не полтора землекопа с минималькой, а что-то поинтереснее, автоматически никак не могу 1С заставить делать все верно.