Для организаций, применяющих УСН с объектом налогообложения доходы, уменьшенные на величину расходов, существуют специальные правила учета расходов от операций по реализации основных средств.
В п. 3 ст. 346.16 НК РФ указано, что в случае, если основное средство реализовано до истечения трех лет с момента учета расходов на его приобретение, налогоплательщик обязан пересчитать налоговую базу по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН, и уплатить дополнительную сумму налога и пени. Такой перерасчет осуществляется с учетом положений главы 25 НК РФ и производится за все отчетные (налоговые) периоды применения УСН, в которых были учтены расходы на приобретение объекта основных средств. Причем в отношении реализуемых основных средств со сроком полезного использования свыше 15 лет перерасчет необходимо производить в случае продажи ОС в течение 10 лет с момента приобретения.
Таким образом, при "досрочной" реализации основных средств необходимо:
1) исключить из расходов уже списанную стоимость основных средств;
2) по правилам главы 25 НК РФ рассчитать амортизацию и включить ее в расходы;
3) пересчитать налог, уплачиваемый в связи с применением УСН и начислить пени;
4) осуществить доплату налога и пеней.
Согласно пп. 1 п. 3 ст. 346.16, пп. 4 п. 2 ст. 346.17 НК РФ расходы на приобретение основных средств, осуществленные в период применения УСН, учитываются при определении налоговой базы при условии оплаты объекта и ввода его в эксплуатацию. При этом в течение налогового периода расходы принимаются за отчетные периоды равными долями.
В результате произведенного перерасчета сумма налога, подлежащего уплате в связи с применением УСН, возрастет. Данную разницу необходимо будет доплатить в бюджет. Кроме того, нужно рассчитать и заплатить в бюджет пени.
Амортизацию необходимо рассчитать по правилам ст. 257-259.2 НК РФ линейным или нелинейным методом. Сумма амортизации включается в расходы.
Остаточную стоимость выбывающего ОС в целях налогообложения учесть нельзя (письмо Минфина России от 13.02.2015 N 03-11-06/2/6557).