Как облагаются НДФЛ доходы работника с Украины, в частности, при наличии удостоверения беженца...

Для целей исчисления НДФЛ с доходов, выплачиваемых работникам, работодателю в первую очередь нужно определить налоговый статус каждого работника.
Если иное не предусмотрено ст. 207 НК РФ, налоговыми резидентами признаются физические лица, фактически находящиеся в Российской Федерации не менее 183 календарных дней в течение 12 следующих подряд месяцев.

Ставки НДФЛ для работников с Украины
При обложении НДФЛ доходов работников - граждан Украины, полученных от трудовой деятельности в российской организации, в зависимости от статуса работника применяются следующие ставки:
- для налоговых резидентов РФ - 13%;
- для нерезидентов, признанных беженцами или получивших временное убежище на территории Российской Федерации, - 13%;
- для нерезидентов, работающих на основании патента, - 13%;
- для нерезидентов, работающих в качестве высококвалифицированных специалистов, - 13%;
- для нерезидентов - участников Государственной программы по оказанию содействия добровольному переселению в Российскую Федерацию соотечественников, проживающих за рубежом, а также членов их семей, совместно переселившихся на постоянное место жительства в Российскую Федерацию, - 13%;
- для остальных работников-нерезидентов - 30%.

Порядок исчисления НДФЛ с доходов работников с Украины
При определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной форме, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со ст. 212 НК РФ.
При налогообложении НДФЛ доходов от трудовой деятельности, полученных гражданами Украины, являющимися резидентами РФ (вне зависимости, например, от наличия статуса беженца), налоговая база определяется как денежное выражение таких доходов, подлежащих налогообложению, уменьшенных на сумму налоговых вычетов. Если при этом сумма налоговых вычетов в налоговом периоде окажется больше суммы доходов, налоговая база принимается равной нулю.
Для доходов работников-нерезидентов (вне зависимости, например, от наличия статуса беженца) налоговая база определяется как денежное выражение таких доходов, подлежащих налогообложению. При этом налоговые вычеты не применяются.
Сумма налога исчисляется как соответствующая налоговой ставке процентная доля налоговой базы. Общая сумма налога исчисляется по итогам года применительно ко всем доходам налогоплательщика, дата получения которых относится к соответствующему налоговому периоду.
При исчислении и уплате НДФЛ работодатель как налоговый агент производит зачет ранее удержанных сумм налога, а в случаях, если работник работает на основании патента, также с учетом уменьшения на суммы фиксированных авансовых платежей, уплаченных налогоплательщиком.

Налоговые вычеты, предоставляемые работникам с Украины
Исходя из п. п. 3 и 4 ст. 210 НК РФ налоговые вычеты по НДФЛ могут быть предоставлены только к тем доходам работников, которые облагаются по ставке, предусмотренной п. 1 ст. 224 НК РФ, то есть в данном случае к доходам от трудовой деятельности, полученным работниками - резидентами РФ (в том числе беженцами, которые приобрели статус резидента РФ).
Остальным работникам, включая тех, доходы которых облагаются по ставке 13% (беженцам, высококвалифицированным специалистам и др.), но не являющимся резидентами, налоговые вычеты не предоставляются.