Какая сумма учитывается в расходах при налогообложении прибыли в случае, если транспортный налог...

Плату в систему «Платон» можно учесть при исчислении налога на прибыль в части превышения ее над транспортным налогом. Такие разъяснения дает ФНС в письме № СД-4-3/18806@ от 20.09.2017. Сумма транспортного налога, исчисленная по итогам налогового периода налогоплательщиками-организациями в отношении каждого транспортного средства, имеющего разрешенную максимальную массу свыше 12 тонн, зарегистрированного в системе «Платон», уменьшается на суммуплаты, уплаченную в отношении такого транспортного средства в данном налоговом периоде.

В случае если при применении налогового вычета сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, получилась отрицательной, сумма налога принимается равной нулю. Таким образом, если сумма платы в Платон равна или превышает исчисленную сумму транспортного налога в отношении соответствующих транспортных средств, то транспортный налог в отношении этих транспортных средств в расходах по налогу на прибыль не учитывается. При этом не учитываются при определении налоговой базы по налогу на прибыль расходы в виде суммы платы в размере, на который была уменьшена сумма транспортного налога к уплате.

В случае если сумма Платона превышает сумму исчисленного транспортного налога в отношении соответствующих транспортных средств, налогоплательщик вправе учесть сумму такого превышения в расходах при определении налоговой базы по налогу на прибыль.

То есть вы уменьшаете тарнспортный налог на платежи в Платон. А дальше смотрите на разницу. Если получается, "хвостик" от Платона сверх зачтенного транспортного - этот "хвостик" можно учесть в прибыли.

Из разъяснений уполномоченных органов следует, что в случае превышения по итогам 2017 года суммы транспортного налога по большегрузному транспортному средству над суммой платы в систему "Платон" в расходах, уменьшающих налоговую базу по налогу на прибыль, учитывается сумма транспортного налога в части превышения над платой в систему "Платон". При этом сумма платы в систему "Платон" в целях налогообложения прибыли не учитывается.
Если по итогам 2017 года сумма платы в систему "Платон" превысит сумму исчисленного транспортного налога по большегрузному транспортному средству, то в целях налогообложения прибыли можно учесть только сумму платы в систему "Платон" в части указанного превышения. Сумма транспортного налога в целях налогообложения прибыли не учитывается (сумма налога, подлежащего уплате в бюджет, равна нулю).
Сказанное подтверждается письмом ФНС России от 20.09.2017 № СД-4-3/18806@