Ксения, все верно. 
После того, как ваша декларация к ним попала, налоговики обязательно проверяют удельный вес вычетов по НДС. На 1 квартал 2017 года в среднем по стране он составлял 88,5% (данные ФНС). Данные для расчета удельного веса можно посмотреть на сайте ФНС (это отчет 1-НДС по состоянию на 01.05.17г. по регионам).
Чтобы посчитать удельный вес вам нужно общую сумму всех вычетов по декларации (берете по всем разделам) разделить на сумму начисленного НДС (тоже по всем разделам). Получившееся число умножаете на 100. Например, на 01.05.17 для Ростовской области этот показатель получится: 275 871 718 (строка 200-всего вычетов) / 278 616 539 руб. (строка 100-всего НДС начислено)*100% = 99,01%. Когда просчитаете по вашему региону, то получившееся число необходимо сравнить с рассчитанным по декларации. Если ваш удельный вес превышает региональный, то налоговая высшлет письмо с просьбой пояснить причину. В нем вполне можно написать, что «поступила накладная №… и счет-фактура №… от поставщика такого-то в конце квартала на сумму Х (в т.ч. НДС ХХ), а реализация прошла в следующем квартале». Если пояснение их не удовлетворит, то организуют вам проверку. А там не только копировать накладные и счет-фактуры, но и договора, транспортные накладные, книги покупок-продаж и т.д. Может вам проще не использовать ВСЕ возможные вычеты в этом квартале, а перенести их на следующий период?
