В связи со спецификой работы, счета клиентам изначально выставляются в excel. В дальнейшем данный...

Мне кажется, вообще в принципе создать такую обработку будет весьма сложно. Это вам нужно, наверное, будет каждый счет затягивать в отдельности... Или из них составлять отдельную экселевскую таблицу, как вам писали выше, а  это опять же гемор тот еще.  Все это вряд ли слишком упростит создание счетов.

Мне прям интересно, в чем специфика, что нельзя счета делать в 1С, а потом выгружать их в Exсel, например. И очень ли нужны вам те счета в 1с?

Я, вот, работала в сфере розничной торговли, и у нас физикам счета даже не заносили в 1С, только юрикам создавали, но лишь в целях удобства, с таким же успехом их могли создавать в Excel. По факту же счет не является первичным документом, потому что его выставление – это не хозяйственная операция, а лишь предложение продавца покупателю. И, насколько я знаю, в принципе, если стороны заключают между собой договор, то счет выставлять не обязательно. 

У нас схема была такая: в магазине физикам давали счета на оплату, они оплачивались, в общей программе предприятия отражалась продажа и через эту программу мы могли выгрузить все продажи в Excel, оттуда уже обработкой мы их затягивали в 1С, но и то оно так затягивалось, что регулярно приходилось править, а частенько и угадывать, кто есть кто :))) . Хотя, допускаю, что у нас обработка была сделана через одно место.....