Наталия,
индексацию необходимо рассчитывать и применять, если в организации произошло повышение окладов. Коэффициент индексации при простом повышении окладов рассчитывается делением нового размера оклада на его размер до повышения. Вы не уточнили, повышение произошло в расчетный период или после, но до начала отпуска? А может кто-то уже в этот момент отдыхал? В случае увеличения оклада в расчетном периоде просто умножьте все заработанные сотрудником суммы по месяцам на рассчитанный коэффициент (суммы до повышения оклада). Если же увеличение произошло не в расчетном периоде, но до начала отпуска сотрудника, то необходимо скорректировать уже сумму отпускных путем умножения ее на рассчитанный коэффициент (если при ее расчете не учитывались суммы повышенного оклада). Еще возможен вариант, когда повышение произошло уже в период отпуска. Для индексации необходимо рассчитать точное количество дней до повышения оклада и коэффициент применить именно к ним.