Давайте разбираться, что делать.
1) По поводу уточненок могу сказать следующее. В статье 81 НК РФ упоминаются недостоверные сведения в декларации и собственно ошибки. Недостоверные сведения - это неверно указанные суммы доходов, расходов, результатов финансово-хозяйственной деятельности, налогов к уплате. Под ошибками понимают неверно указанный налоговый период или дату, арифметические ошибки, нарушение порядка заполнения декларации, неправильно указанные коды (ИНН, КПП, КБК, ОКТМО и прочее).
Недостоверные сведения и ошибки в декларациях могут никак не повлиять на сумму налога, который надо уплатить, а могут его уменьшить или увеличить. От того, как отразились ошибки и недостоверные сведения на сумме налога, зависит необходимость подачи уточненной налоговой декларации.
Я так поняла, что у вас в итоге сумма УСН не изменилась. Соответственно и подавать уточненную декларацию по УСН не вижу смысла, тем более за 2012 год.
Просто, есть необходимость подавать уточненку, если сумма налога к уплате занижена, то есть страдают интересы бюджета. В этом случае подача уточненной декларации – обязанность налогоплательщика (п. 1 ст. 81 НК РФ). Если же ошибки в первичной декларации не уменьшили сумму налога или произошла переплата в бюджет, то налогоплательщик вправе, но не обязан, подавать уточненную декларацию.
Теоретически, вы можете подать уточненку, срок по сдаче уточненок законодательством не ограничен, но я сильно сомневаюсь, что в этом есть необходимость, так как глубина проведения выездной проверки составляет 3 года. Просто вы же знаете, что налоговая инспекция может провести выездную проверку по периоду, за который была подана уточненная налоговая декларация. Оно вам надо? Предлагаю все оставить как есть... Тем более что после подачи ваших деклараций у налоговой, судя по всему, никогда не появлялось вопросов.
2) По поводу ККТ вот нашла Письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 16.10.2017 № 03-01-15/67410. Ведомство отмечает, что согласно закона N 54-ФЗ прием денег для обеспечения исполнения обязательства по возмещению ущерба (обеспечительный платеж) не является расчетом за товары, работы или услуги. Таким образом, в данном случае применение ККТ не требуется. Ведь никто не отменял ПКО и РКО. Я считаю, что вы можете принимать деньги в кассу и выписывать ПКО. А возвращать арендатору, выписывая РКО. Платежные карты... Арендатор не может снять деньги с карты и положить их на расчетный счет или рассчитаться наличкой или перевести деньги с карты на расчетный счет?
3) А когда был пробит по кассе обеспечительный платеж? Нельзя его отменить? Почитайте вот эту ветку:
https://forum.nalog-nalog.ru/onlajn-kassy/vozvrat-po-onlajn-kasse/