О возможности и необходимости внесения изменений в налоговую декларацию говорится в ст. 81 НК. Сведения о среднесписочной численности — это не декларация. И по поводу корректировки этого отчета в законодательстве ничего не сказано, видимо, ваша ИФНС руководствуется тем, что все, что не прописано отдельно в законодательстве, запрещено. Однако, есть п. 7 ст. 3 НК РФ, в котором написано, что все неясности в законодательстве должны трактоваться в пользу налогоплательщика.
Налоговики неправы однозначно, так как срок сдачи сведений еще не истек. Если ошибка влияет на показатели, то могу посоветовать отправить правильно заполненный отчет по почте. Приложите к отчету сопроводительное письмо, с просьбой устранить ошибку и отозвать ранее сданный документ.