Здравствуйте, пособие по временной нетрудоспособности по сути – это один из видов доходов работника. Поэтому с него также необходимо производить удержание алиментов (пп. «в» п. 2 Перечня, утв. Постановлением Правительства от 18.07.1996 N 841). Кстати говоря, не важно выдан был больничный в связи с болезнью или травмой самого работника или с необходимостью обеспечивать уход за больным членом семьи (пп. 1, 2 ч. 1 ст. 5 Закона от 29.12.2006 N 255-ФЗ). Так же как и не имеет значения, выплачивается пособие за счет собственных средств работодателя или ФСС.
После предъявления работником больничного листа в бухгалтерию алименты должны поступить получателю не позднее, чем в трехдневный срок со дня выдачи заработной платы (ст. 109 СК РФ). Попробуйте сходить в бухгалтерию и разобраться в чем дело. Пусть они вам лично ответят, на каких основаниях они не перечислили вам алименты, если отец вашего ребенка получил пособие по временной нетрудоспособности во время отпуска.