Подскажите пожалуйста как правильно формировать счета фактуры на аванс:1).Регистрировать...

Налогоплательщики НДС выставляют счета-фактуры не только при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав, но и при получении сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав. Авансовые счета-фактуры выставляются не позднее пяти календарных дней со дня получения сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав (п. 3 ст. 168 НК РФ).
Для ситуации, когда между датой поступления аванса и датой отгрузки прошло менее 5 дней или же аванс получен в том же периоде, в котором произошла отгрузка, НК РФ не предусматривает никаких исключений и особенностей в действиях поставщика. По мнению налоговых органов, вне зависимости от того, что в течение 5 календарных дней после получения налогоплательщиком НДС предоплаты производится отгрузка, счета-фактуры оформляются в двух экземплярах как на сумму полученной предоплаты, так и в момент отгрузки товаров (работ, услуг) в счет указанной предоплаты (см. письма ФНС России от 10.03.2011 № КЕ-4-3/3790, от 15.02.2011 № КЕ-3-3/354).
По мнению же Минфина России и некоторых судов, если в течение 5 календарных дней со дня получения предоплаты осуществляется отгрузка товаров (выполнение работ, оказание услуг, передача имущественных прав) в счет этой оплаты, то счета-фактуры по авансу выставлять покупателю не требуется (см. письма Минфина России от 12.10.2011 № 03-07-14/99, от 06.03.2009 № 03-07-15/39, а также постановление Шестнадцатого ААС от 30.06.2016 № 16АП-2324/16). При использовании этих разъяснений надо учитывать, что такой вывод не следует из п. 3 ст. 168 НК РФ, а основывается на том, что при отгрузке поставщиком в любом случае будет выставлен счет-фактура, поэтому выставление одновременно и счета-фактуры на аванс не имеет смысла, а лишь увеличивает и усложняет документооборот. Кроме того, письма Минфина России носят рекомендательный характер, не содержат правовых норм или общих правил, конкретизирующих нормативные предписания, и не являются нормативными правовыми актами.
Арбитражные суды в ситуации, когда предоплата и отгрузка приходятся на один и тот же налоговый период, вообще не признают такие платежи авансовыми в целях исчисления НДС. Судьи опираются на позицию ВАС РФ о том, что не может быть признан авансовым платеж, поступивший налогоплательщику в том же налоговом периоде, в котором произошла отгрузка (см. постановления АС Северо-Кавказского округа от 07.07.2016 № Ф08-4155/16 по делу № А01-638/2015, ФАС Поволжского округа от 22.12.2008 № А55-3598/08, ФАС Московского округа от 17.07.2008 № КА-А41/5427-08, ФАС Дальневосточного округа от 28.11.2008 № Ф03-4597/2008, постановления Президиума ВАС РФ от 10.03.2009 № 10022/08, от 27.02.2006 № 10927/05). То есть продавец должен выписывать счета-фактуры на полученную предоплату только в том случае, если отгрузка товаров, в счет которых она получена, состоится в следующем налоговом периоде.
Выбор остается за Вами, как именно поступить, мне кажется, что для того чтобы избежать лишние вопросов со стороны налоговых органов, а тем более избежать возможные судебные разбирательства, все же стоит выставлять авансовую счет-фактуру.