Давайте по порядку:
1) Возможно ли снять с ЕНВД один магазин и вернуть на УСН? В принципе, да. ЕНВД - дело добровольное сейчас. Как и УСН. Но с условием - не должно быть совмещения ЕНВД и УСН в пределах одного муниципального образования.
2) Что такое "муниципальное образование"? Это территория, на которой осуществляется единое местное самоуправление. То есть, вам нужно смотреть на структуру местной власти. Может быть, скажем, отдлеьный город и в нем свои органы управления. А может быть несколько населенных пунктов, но объединенных под единым чиновным контролем. Во втором случае МО будет считаться территория всех населенных пунктов вместе взятая.
3) Когда можно по желанию перейти на УСН? С начала года.
Вывод - выясняйте, что у вас с принадлежностью к МО. Магазин, который хотите вернуть на УСН, не должен находиться на одной муниципальной территории с другим магазином, остающемся на ЕНВД. Если условие соблюдено - подавайте уведомление о переводе этого магазина на УСН до конца 2017 года.