Добрый день. Попробуем по порядку, согласно п. 1 ст. 172 налоговый вычет производится на основании выставленных счетов-фактур. Но основанием для формирования счета-фактуры является как раз таки первичный документ, которым является ТОРГ-12. В соответствующих указаниях не приводится детальный порядок заполнения ТОРГ-12. Вместе с тем, как следует из указания самой формы в строке «Основание» должно быть указано наименование документа , на основании которого происходит движение товара от поставщика к потребителю (например, договор, заказ-наряд). При этом в п. 2 ст. 9 Федерального закона от 06.12.2011 № 402-ФЗ прописаны обязательные реквизиты первичных учетных документов. В них «основание» не прописано. Поэтому можно предположить, что вполне подходит оставить «Основной договор» в строке «Основание».
На самом деле многие поставщики в основании указывают "основной договор", это тянется автоматом из 1С, когда не заполняются данные по договору. Мы проходили проверку с такими документами, нареканий не было, хотя могли бы быть, инспектор инспектору рознь... Вообще, если есть счет-фактура, то отказать не должны.