Раскрою немного тему депозитов. Обычно, в договоре аренды их принято называть "обеспечительный платеж". Так вот, если у вас в договоре нормально прописан этот самый платеж, то внесение арендатором этих денег не относится к категории "расчеты", описанной в новом 54-ФЗ:
"расчеты - прием или выплата денежных средств с использованием наличных и (или) электронных средств платежа за реализуемые товары, выполняемые работы, оказываемые услуги, прием ставок и выплата денежных средств в виде выигрыша при осуществлении деятельности по организации и проведению азартных игр, а также прием денежных средств при реализации лотерейных билетов, электронных лотерейных билетов, приеме лотерейных ставок и выплате денежных средств в виде выигрыша при осуществлении деятельности по организации и проведению лотерей" (ст 1.1 54-ФЗ)
Обеспечительный платеж не является реализацией и даже не является авансом. Есть старенькое, но вполне действительное письмо Минфина от 12.02.2012 № 03-11-06/2/68. В нем четко сказано, что в доходы арендодателя (в реализацию) такой депозит включается только тогда, когда направлен на погашение задолженности арендатора.
То есть в вашем случае было бы логично прописать хорошо в договорах, что сумма является возвратным обеспечением. Потом принимать эти депозиты отдельно от прочих оплат. Например, через ПКО или просить перевести вам на р/с. Тогда автоматически снимается вопрос с утерей чека арендатором.