ООО (РФ) есть экспортный контракт с ООО (Беларусь) на сумму больше 10 млн руб. Экспортный контракт...

Штрафы могут быть по следкющим основаниям:

• Непостановка контракта на учёт (экспорт > 10 млн ₽ должен был стоять на учёте с первого аванса, т. е. с декабря 2024) — квалифицируется как непредставление в банк информации/документов по валютным операциям: ч. 6.3-1 ст. 15.25 КоАП, 40 000–50 000  для юрлица. 
• Несвоевременное представление документов для ведомостей (СПД по отгрузкам, подтверждающие документы по платежам) — та же ч. 6.3-1 (ответственность наступает только при просрочке более 90 дней — она у вас очевидно есть) либо ч. 6. Санкция одна и та же: 40 000–50 000  юрлицу.

Будет 1 штраф 40–50 тыс.  на всю историю с контрактом, а не на каждую ведомость.Вы МП, для вас есть послабления:

1. Ст. 4.1.2 КоАП — для субъектов МСП штраф назначается в размере, предусмотренном для ИП/должностных лиц. Для ч. 6.3-1 это уже 4 000–5 000  вместо 40–50 тыс. ВС РФ в Обзоре 2024 года прямо ориентирует: наказание по ч. 6.3-1 назначается с учётом ст. 4.1.2. 
2. Ст. 4.1.1 КоАП — замена штрафа на предупреждение для СМСП при первом нарушении при отсутствии вреда и имущественного ущерба. Важно: ч. 6 и 6.3-1 ст. 15.25 в перечень исключений не входят — предупреждение по ним возможно, и ФТС прямо рекомендовала своим подразделениям так поступать.  Части про незаконные операции и репатриацию (ч. 1, 4–4.3, 5–5.2) под замену не подпадают — но вы к ним, повторю, не относитесь. 
3. Ч. 1.2 ст. 2.1 КоАП — юрлицо не наказывается, если за то же нарушение привлечено его должностное лицо. Запасной вариант, если предупреждение не дадут.

Давность по всем частям ст. 15.25 — 2 года со дня совершения нарушения (ст. 4.5 КоАП).