В собственности квартира и 1/2 жилого дома. На квартиру льготу применяют, а на дом в ФНС ...

Добрый день!

Налоговая льгота предоставляется и по такому объекту как "часть жилого дома" (пп. 2 п. 4 ст. 406 НК РФ). Вам следует разбираться с налоговой по этому вопросу. Для начала, полагаю, заявить льготу в отношении части дома.  

Система налоговой службы автоматически сверяет тип объекта из реестра с перечнем из кодекса. Если в выписке написано «жилое помещение» (а именно так часто фиксируется «часть жилого дома»), алгоритм может не сопоставить это с формулировкой «часть жилого дома» из статьи 407 — и льгота не применяется. При этом в вашем свидетельстве 2014 года указано «часть жилого дома» — это как раз то, что нужно по закону, но ФНС смотрит в первую очередь на актуальные данные Росреестра.

Возьмите свежую выписку из ЕГРН и внимательно сравните графу «Наименование/Вид объекта». Если там «жилое помещение», это и есть причина отказа.
Напишите в ФНС ещё  и приложите к обращению и свидетельство 2014 года («часть жилого дома»), и выписку из ЕГРН («жилое помещение»). В тексте чётко напишите: «Согласно п. 4 ст. 407 НК РФ (в ред. ФЗ № 334-ФЗ) льгота распространяется на „часть жилого дома“. Прошу применить льготу с учётом того, что по свидетельству 2014 года объект зафиксирован именно как часть жилого дома, а расхождение с ЕГРН связано с особенностями кадастрового учёта». Иногда детальное пояснение с опорой на норму помогает инспектору вручную скорректировать расчёт.
Если на уровне инспекции не получится, направьте обращение в Управление ФНС по региону — там могут дать официальное разъяснение по вашей ситуации.