Планируется открытие ООО и необходимо определиться с системой налогообложения.По виду деятельности...

Добрый день!

Боюсь, вы в принципе не совсем верно понимаете, что такое НДС)

Здесь надо оговорить, что НДС привязан исключительно к реализации ТРУ (товары, работы, услуги), иные операции НДС не облагаются. Поэтому ваши слова "за работников" - мимо, так как зарплата, взносы, больничные и все прочее, что связано с работниками, к НДС отношения не имеет. Кроме расчета с работниками своими товарами, например, но это нюансы. 

Если вы ООО, которое уплачивает НДС по обычным ставкам (22% и 10%), то схема уплаты НДС выглядит так.

Вы продаете свой товар с НДС (1 000 + 220 (22% НДС) = 1 220). Это означает, что вы должны перечислить в бюджет 220 руб. При этом у вас есть право уменьшить данную сумму, используя вычет, то есть вычесть из этого своего НДС тот НДС, который вы уплатили поставщикам. Допустим, вы в том же квартале купили оборудование, товары, брали в аренду помещение, получали консультационные услуги. Перечисленные поставщики за свои ТРУ выставили вам НДС в размере 180 рублей. Значит, в бюджет вы заплатите 220 - 180 = 40 рублей. То есть как правило мы говорим про вычет НДС.

Бывает возмещение НДС (напишу, так как вы использовали это слово). Это когда вы выставили в отчетном периоде своим покупателям 220 рублей НДС, а от поставщиков у вас, допустим, 250 рублей НДС. Тогда 220 - 250 = - 30 рублей. Формально бюджет вам должен вернуть (возместить, поэтому - возмещение) 30 рублей. Но в обычной жизни такое лучше не проворачивать, возмещением занимаются те, у кого ставка НДС 0%, но кто имеет право на вычеты.

Это очень грубая схема подсчета НДС просто для понимания сути налога. Есть масса нюансов исчисления налога, которые надо обговаривать отдельно. 

Если вы будете применять ставки НДС 5% и 7% (это упрощенцы с определенным уровнем дохода), то права на вычет НДС у вас нет. Вы будете уплачивать только начисленный НДС за свои ТРУ - 50 рублей (1000 + 50 (5% НДС) = 1 050).