Входящий счет-фактуру, который вы по каким-то причинам не включили в журнал учета (получили его уже по окончании квартала или просто потеряли, а потом нашли), зарегистрируйте в новой строке журнала за тот период, в котором составлен счет-фактура. С забытым исходящим счетом-фактурой поступайте точно так же: допишите его в новую строку 1 части журнала за период составления документа. Так велит Минфин (письма от 26.04.2018 № 03-07-09/28450, от 28.12.2017 № 03-07-09/87722).
Кто ведет журнал учета счетов-фактур, читайте здесь.