Если при ввозе товаров НДС на таможне платит посредник, требуйте от него документы об уплате налога и копию таможенной декларации. Они послужат основанием для применения налогового вычета. Вычет заявляйте после принятия товаров на учет.
Заявить вычет можно и в том случае, если посредник применяет упрощенку.
Об этом — письма Минфина от 04.09.2018 № 03-07-08/62931, от 02.07.2015 № 03-07-08/38192.
См. также наш материал «Какой порядок возмещения (возврата) НДС при импорте товаров?».