НДФЛ, который вы по ошибке уплатили в большем размере, можно зачесть в счет будущих платежей. Но только при условии, что налог уплачен за налогоплательщиков, а не из ваших собственных средств, то есть если и удержано у работников было больше, чем нужно.
При этом зачет возможен в счет ваших предстоящих обязательств агента по данному налогу. Зачесть эту переплату в счет налогов, которые вы платите как налогоплательщик, нельзя.
Факт ошибочного излишнего перечисления денег по реквизитам НДФЛ, а также факт излишнего удержания налога должны подтверждать выписка из регистра налогового учета и платежные документы.
Об этом — в письме Минфина от 22.01.2018 № 03-02-07/1/3224.
Что про зачет переплаты по НДФЛ говорит Верховный суд, узнайте здесь.