Если работник переводится из одного филиала в другой филиал организации, НДФЛ с его доходов нужно перечислять в бюджет по месту учета филиала, где находится новое место работы. На это указал Минфин в письме от 12.07.2017 № 03-04-05/44417.
Как платить НДФЛ, если работник трудится и в головной организации, и в ее подразделении, узнайте здесь.
Подробнее о том, как правильно платить НДФЛ при наличии обособленных подразделений, рассказывает эта статья.