Если в арендованном у физлица помещении организация производит неотделимые улучшения, у арендодателя возникает натуральный доход, а у фирмы соответствующие агентские обязанности: посчитать, удержать и уплатить НДФЛ, либо сообщить о том, что удержать его невозможно, а также отчитаться по налогу (письмо Минфина от 29.12.2016 № 03-04-05/79439). Разумеется, если это простой «физик», а не ИП.
Обратите внимание! Есть и иная позиция по данному вопросу - см. «Если ремонт оплатил арендатор, то физическое лицо – арендодатель само должно заплатить НДФЛ».
См. также «Отражение аренды у физлица в форме 6-НДФЛ (нюансы)».