MAPKAHAT вопрос неоднозначный.
Посмотрим ст. 166 ТК РФ:
Служебная командировка - поездка работника по распоряжению работодателя на определенный срок для выполнения служебного поручения вне места постоянной работы.
Служебные поездки работников, постоянная работа которых осуществляется в пути или имеет разъездной характер, служебными командировками не признаются.
Нормативно указанный вопрос не урегулирован совсем.
Обратимся к п.5 положения № 749 оплата труда работника в случае привлечения его к работе в выходные или нерабочие праздничные дни производится в соответствии с трудовым законодательством Российской Федерации.
Формально Вы его к работе в эти дни не привлекали. Теоретически, если исходить из того что было в начале пандемии, ему должны были больничный на это время оформить. На мой взгляд, это было бы логичнее всего. Приведу п. 4.7.Письма Роспотребнадзора от 22.03.2020 N 02/4708-2020-27: лицам, находившимся в обсервации, листы нетрудоспособности выдаются в установленном порядке (при необходимости). – понять бы что значит по необходимости)) Формально, он у Вас на работе пребывает почему бы не выдать ему больничный на это время?
Но как я указал выше, исходя из формулировок термина командировка и служебная поездка их смысл схож. По сути единственная разница, начисление не среднего заработка за дни выполнения должностных обязанностей вне расположения работодателя, а зарплаты. Все остальное идентично: суточные, компенсация расходов и т.д.(ст.168, 168.1 ТК РФ).
На служебную поездку распространяются почти все правила аналогичные командировке. Сложность в ст. 106 ТК РФ, как Вы верно заметили, так как сотрудник не может использовать время по своему усмотрению. С другой стороны, и ожидая чего-то в выходной и праздник в командировке, он тоже не может использовать его по своему усмотрению (он в чужом городе, с ограниченным бюджетом, максимум может пива выпить)))) Но если он фактически не работает и не пребывает в пути, вы ему это время не оплачиваете.
Склоняюсь все-таки вот к варианту "б" – не платить, но это по формальным основаниям. Но если вы задаете этот вопрос, значит чувствует, что это не справедливо))) Тогда компромиссный вариант, чтобы и компании было не очень накладно и работнику не обидно вариант «в»: о аналогии с днями в пути вахтовиков, чтобы не было дискриминации вахтовиков по сравнению с невахтовиками, и наоборот.
Ну или другой вариант опалить ему по среднему заработку, мне кажется это было бы справедливо. Но опять же, если есть возможность. Если ее нет, штрафовать за неоплату в эти дни Вас никто не будет, не вижу оснований. Даже если работник пойдет куда-то жаловаться.