Вычет излишне уплаченной суммы

Вся ситуация построена на подмене трудовых отношений гражданско-правовым договором. Если вы ничего не путаете. По договору ГПХ оплата идёт за результат, а не за отработанное время. Нет понятия «смен», «графика» и «отработанных часов» — исполнитель сам определяет, когда и как работать, а заказчик платит за конкретный результат, подтверждённый актом приёмки. Подписанный акт означает, что заказчик принял работу без замечаний. После этого организация не может просто так «пересчитать смены» и потребовать деньги обратно. Единственные основания для ГПХ:

• Счётная ошибка — но тут не ошибка в арифметике, а пересмотр графика задним числом, это не считается. 
• Неосновательное обогащение (ст. 1102 ГК РФ) — теоретически заказчик может сослаться на эту норму. Но судебная практика показывает: если акт подписан сторонами без замечаний и работы фактически приняты, взыскать переплату крайне сложно. Суды указывают, что подписание акта без возражений лишает заказчика права оспаривать объём работ, если только недостатки не являются скрытыми.
• Условие в договоре — если в самом договоре прописано право заказчика требовать возврата при несоответствии объёмов. Но даже тогда: если несоответствие можно было обнаружить при обычной приёмке (а «смены» — это не скрытый недостаток), подрядчик не обязан возвращать деньги.

Но.... Помимо этого у Вас. В договоре указаны рабочие дни (понедельник, среда, пятница) — для ГПХ это прямо противопоказано. Руководитель говорит про «смены» — понятие из трудового, не гражданского права.
Бухгалтер считает количество смен и пересчитывает оплату — это табельный учёт, для ГПХ не применяется. Работа систематическая, длится с апреля по сентябрь (более 5 месяцев) — суды расценивают это как признак трудовой функции. Оплата, судя по всему, регулярная и фиксированная — ещё один признак.
Всё это — классические признаки переквалификации договора ГПХ в трудовой (п. 24 Постановления Пленума ВС РФ от 29.05.2018 № 15).