Табель рабочего времени нужно заполнять в любом случае. Дистанционные работники не исключение (ст. 91 ТК РФ). Фактически отработанное ими время нужно учитывать так же, как и время, отработанное другими сотрудниками.
Совершенно верно вы заметили, что дистанционный работник устанавливает время работы и время отдыха самостоятельно по своему усмотрению (ст. 312.4 ТК РФ). Поэтому в такой ситуации учитывая дистанционную работу в табеле кадровику или бухгалтеру ничего не остается, как указывать нормальную продолжительность рабочего времени, установленную для той категории сотрудников, к которой относится удаленный работник. В общем случае, нормальная продолжительность рабочего времени не может превышать 40 часов в неделю (ч. 2 ст. 91 ТК РФ).
Таким образом, за каждый рабочий день по графику, принятому в организации, работнику нужно ставить код явки «Я» или цифровой «01», а также количество часов. Понятно, что в большинстве случаев ежедневно нужно ставить 8 рабочих часов.
В рассматриваемом вами случае, важно, как прописана трудовая неделя в договоре. Если указано, что работник выполняет свои обязанности в понедельник, среду и пятницу, то в графике нужно ваши 16 минут 22 секунды рабочего времени делить на три равные части, если целую неделю – то на пять частей. Например, с понедельника по четверг 3,5 минуты в день, а в пятницу 2,37 минуты.
Для упрощения документооборота, нужно прописать в трудово договоре, что работник выполняет свои обязанности, например, в пятницу, и все его минуты записывать в пятницу, и оплачивать, соответственно полные недели.
Если в графике вы укажете работу в выходной день - воскресенье, то соответственно, нужно доплачивать за работу в выходные и праздничные дни.
Таково мое мнение.