УСН

Обязанность налогоплательщика восстановить суммы НДС, принятых к вычету по приобретению материалов (сырья), в связи с наличием остатков готовой продукции к моменту перехода на УСН, вытекает из следующего.
Из положений статьи 170 НК РФ следует, что в них указаны любые товары, а не только основные средства, нематериальные активы и имущественные права.
В подпункте 2 пункта 3 статьи 170 НК РФ указано, что восстановлению подлежат суммы налога в размере, ранее принятом к вычету, а в отношении основных средств и нематериальных активов - в размере суммы, пропорциональной остаточной (балансовой) стоимости без учета переоценки.
Источник - Постановление Арбитражного суда Западно-Сибирского округа от 26 июня 2017 г. № Ф04-1770/17 по делу № А45-5574/2016.

Будучи на ОСН, вы не только обязаны были начислять НДС, но и имели право на вычет, которым вы, конечно, пользовались. Однако одним из важнейших условий применения вычетов (подп. 1 п. 2 ст. 171 НК РФ) является использование активов и ТМЦ в деятельности, которая подлежит обложению НДС. Так как вы переходите теперь на УСН, то ваши материалы, которые лежат на складе не будут использоваться в деятельности, которая  подлежит обложению НДС. То есть данное условие перестанет выполняться, а это значит, что вы в соответствии с подп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ будете обязаны восстановить ранее взятый к вычету НДС по тем товарам, материалам и активам, которые остались на балансе к моменту перехода на упрощенку. И сделать это необходимо, подавая декларацию за квартал, предшествующий переходу на УСН.

Вот вам пример, как это делается:

У компании, перешедшей с 1 января 2018года с ОСНО на УСН, на балансе на конец 2017 года числятся следующие остатки: сырья и материалов — на 100 000 руб., товаров — на 200 000 руб. НДС по данным ТМЦ компания ранее предъявила к вычету. В этом случае, переходя на УСН, необходимо будет восстановить НДС, сделав следующие проводки:

Дт 19 Кт 68 – 54 000  (18% × (100 000 + 200 000)) — восстановлен НДС по товарам и материалам, взятый ранее к вычету.

Дт 91 Кт 19 – 54 000  — восстановленный НДС отнесен в состав прочих расходов.

При этом не забудьте порядок отражения операции по восстановлению НДС описать в учетной политике. Он может быть аналогичен указанному в примере. Также возможно не использовать счет19, а относить начисление восстановленного налога сразу на расходы.