Честно, сейчас ни о чем абсолютно нельзя судить однозначно. Но с вероятностью 99% ваш платеж упал на ЕНС, не создав резерв на взносы.
1. Неплохой вариант, но про перспективы вам никто ничего не скажет, так как практика отсутствует полностью. По идее: вы уплатили в 1 квартале, НК РФ позволяет вам учесть в 1 квартале. ФНС дала инструмент для учета именно в первом квартале (платежка 02 или заявление на зачет), которым вы и воспользовались. Тот факт, что со стороны налоговой произошел сбой, вас волновать не должно. Но, повторюсь, про перспективы выигрыша в данном споре говорить невозможно пока.
2. Вообще бессмысленно. Во-первых, по взносам ИП за себя уведомления не подаются. Во-вторых, никакое уведомление (даже по тем налогам, по которым оно предусмотрено) не говорит о факте уплаты налога. уведомление - это аналог декларации, но не аналог платежки. Если вы говорите о заявлении на зачет, то такой вариант имеет смысл. Тогда вы зачете 1% при расчете аванса за 2 квартал.
3. Самый надежный вариант. По сроку уплаты эту сумму спишут с ЕНС, она будет фактически уплаченной и ее железно можно будет учесть при расчете аванса за 3 квартал.
Комбинация вариантов тоже хорошо. Там уже вы на месте считайте, как вам выгодно.