Филиал при УСН
Филиал/представительство - другое дело.
Запрет на применение упрощенной системы налогообложения для организаций, имеющих филиалы и (или) представительства, установлен подп. 1 п. 3 ст. 346.12 НК РФ. Поскольку понятий «филиал» и «представительство» ни ст. 11 НК РФ, ни глава 26.2 НК РФ не содержат, эти понятия подлежат применению в том значении, в каком они используются в гражданском законодательстве, а именно в ст. 55 ГК РФ, с которой советую Вам ознакомиться (вдруг именно это Вы имели в виду под "обособкой")
Подп. 1 п. 3 ст. 346.12 НК РФ запрещает применять упрощенную систему организациям, имеющим филиалы.
Филиал — это обособленное подразделение, расположенное вне места нахождения юрлица и осуществляющее все его функции или их часть, наделенное создавшим его юрлицом имуществом, действующее на основании утвержденных этим юрлицом положений и указанное в ЕГРЮЛ (пп. 2, 3 ст. 55 ГК РФ).
Налоговое законодательство имеет свое определение обособленного подразделения. Согласно п. 2 ст. 11 НК РФ, обособленное подразделение организации — это любое территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места, то есть рабочие места, созданные на срок более 1 месяца. Под рабочим в этом случае понимается место, где работник должен находиться или куда ему необходимо прибыть в связи с его работой, которое прямо или косвенно находится под контролем работодателя (ч. 6 ст. 209 ТК РФ).
Признание обособленного подразделения организации таковым производится независимо от того, отражено ли его создание в учредительных и иных организационно-распорядительных документах организации, и вне зависимости от полномочий, которыми наделяется указанное подразделение.
Как видим, понятие обособленного подразделения в НК РФ более широкое, чем филиал. Отсюда следует, что наличие у организации подразделений, которые не являются филиалами, не препятствует применению упрощенной системы налогообложения. Это не раз подтверждали и контролирующие органы (письма Минфина России от 12.05.2014 № 03-11-06/2/22075, от 24.07.2013 № 03-11-06/2/29196 и от 20.06.2013 № 03-11-06/2/23305).
То есть вы вполне можете открыть обособленное подразделение и при этом не слететь с упрощенки. Главное, чтобы данное подразделение не имело признаков филиала. Например, вы вполне можете открыть производственный цех, магазин или склад, который будет расположен вне места нахождения вашего офиса.
Обратите внимание, что по месту нахождения каждого обособленного подразделения (кроме филиала или представительства) организации необходимо встать на учет в налоговом органе (пп. 1, 3, 4 ст. 83 НК РФ). Это обязательно даже если создано всего 1 рабочее место (письмо УФНС России по г. Москве от 31.03.2010 № 16-15/033302@).