Конечно, будут! Они сейчас все именно этим и занимаются - вебинары идут бесконечно по всей стране, а как именно работает система никто не знает, так как ее выпустили сырой и совершенно не отлаженной. Поэтому налоговикам и приходится выкручиваться, выдумывать и фантазировать. Настройка системы идет в режима реального времени, постепенно будет выработана единая точка зрения, а пока фантазии.
Фантазией, кстати, я назвала не дату срока уплаты, которую надо ставить в заявлении (лично мое мнение, что логично ставить ту дату, на которую ты хочешь произвести зачет, то есть логика ваших налоговиков понятна, хоть и расходится на данный момент с "генеральной линией партии), а дату подачи заявления на зачет - 21 марта. Это может быть исключительно рекомендацией не затягивать с этим, хотя срок исполнения заявления по НК РФ - один день. Более никаких оснований для этой даты нет, поэтому это чистая фантазия. Вы же и пишите, что они сами не понимают, с чего такая дата.