Не велась бухгалтерия, не сдавались отчёты

У вас вообще не было никаких движений за все это время? Даже каких-нибудь комиссий по банковскому счету? Вы нигде не увидите список отчетности, которую задолжали фондам. 

По поводу несданной отчетности: декларации по УСН (1 в год) + расчеты 4-ФСС (4 в год) + расчет по взносам (4 в год) + СЗВ-М (по 1 за каждый месяц, но не помню точно, в каком году они появились) + СЗВ-Стаж (1 в год, тоже не помню, с какого года) + среднесписочная численность (1 в год, но до 2020 года) + бухгалтерская отчетность (1 в год). Это навскидку. Штрафы будут за несданные отчеты не за все годы, а за последние 3. Сумму штрафов узнаете только тогда, когда подадите просроченные отчеты. Штрафы могут быть как на организацию, так и на должностное лицо. 

Сейчас есть пилотный сервис ФНС, где можно электронно сдать отчетность в налоговую. Но не в пенсионный фонд или в фонд социального страхования. Возможно, проще отправить все это по почте на бумаге с описанием вложения/уведомлением о вручении. Но надо заполнять на бланках, актуальных для года, за который подаются отчеты. 

Вы точно уверены, что есть в ЕГРЮЛ? Это достаточно странно. С 2016 года без единого отчета и вас еще не исключили. Впрочем, возможно все.