счет фактура

Вообще согласно буквальному смыслу положений п.3 ст.168 и п.3 ст.169 НК РФ вы должны выставлять счет-фактуру при получении предоплаты по любой операции, по которой впоследствии будете выставлять "отгрузочный" счет-фактуру.
Налоговое ведомство считает, что если получение предоплаты и отгрузка произошли в одном налоговом периоде, то необходимо руководствоваться общими правилами отражения НДС с полученных авансов: начислить «авансовый» НДС, выставить «авансовый» счет-фактуру, принять налог к вычету, зарегистрировать «авансовые» счета-фактуры в книгах покупок и продаж и отразить в разделе 3 декларации по НДС в одном периоде (письма ФНС России от 20.07.2011 № ЕД-4-3/11684, от 10.03.2011 № КЕ-4-3/3790, от 15.02.2011 № КЕ-3-3/354@).
Но суды признают такие действия излишними. Арбитры не рассматривают оплату товаров (работ, услуг), полученную в одном периоде с реализацией, в качестве аванса. Поэтому судьи считают, что у налогоплательщика нет обязанности начислять НДС с полученных авансов. Такая точка зрения отражена, например, в постановлениях ФАС Поволжского округа от 07.09.2011 № А57-14658/2010 (оставлено в силе определением ВАС РФ от 16.01.2012 № ВАС-17397/11), ФАС Северо-Кавказского округа от 25.05.2012 № А32-16839/2011.
В вашем случае нарушения не будет, так как сумма налога не занижена. Но претензии со стороны налоговиков могут возникнуть.

Про авансовые счета фактуры можете подробнее почитать вот в этой статье - http://nalog-nalog.ru/nds/schetfaktura/pravila_vystavleniya_scheta-faktury_na_avans/