расчет НДС на предприятиях с УСН

Я так понимаю, Вы получили эту предоплату и на нее выписали счет-фактуру, правильно? Спрашивается зачем? Вы же не являетесь плательщиками НДС, следовательно у Вас нет обязанности исчислять и уплачивать НДС с аванса. Опять же поскольку Вы не являетесь налогоплательщиками, никаких вычетов по НДС Вы заявить не можете. Поэтому мне не совсем понятно Ваше действие по выписке счета-фактура на аванс. Или я не совсем верно Ваш вопрос поняла?

Добрый день!
Главбух_Елена справедливо удивлялась, зачем вы это сделали. Это просьба заказчика - выставить счет-фактуру с НДС? Уж если вы на это согласились, то счет-фактуру на аванс точно не надо было выписывать, надо выписать его только при выставлении акта выполненных работ. Уплатить НДС в бюджет и сдать декларацию по итогам 1 квартала 2019 года. Если вы выписали авансовый сч-ф, то вы должны также уплатить его в бюджет и сдать декларацию по итогам 4 квартала 2018 года, и при выставлении акта выполненных работ опять выписать сч-ф, уплатить НДС в бюджет и сдать декларацию по итогам 1 квартала 2019 года. То есть при составлении авансового сч-ф получается двойное налогообложение, так как вычеты, как опять же справедливо отметила Главбух_Елена, вам не положены, ибо вы не являетесь плательщиком НДС.