ААП, в Вашей ситуации есть, как минимум, 2 пути с совершенно различными налоговыми последствиями.
1) Размещение у филиала и продажа в РБ - "независимые операции". В таком случае при ввозе от Вашей орг-ции в РФ в ту же орг-цию (ф-л) в РБ налог не уплачивается.
Однако продажа в РБ будет классифицироваться для орг-ции из РФ как реализация в РБ, т.е. не на территории РФ.
Тогда Вы получите в части законодательства РФ необлагаемую НДС операцию, а покупатель из РБ заплатит НДС как при ввозе (пункты 13.4, 25 приложения № 18 к договору о ЕАЭС; какой конкретно - может зависеть от ситуации) или как налоговый агент.
2) Эти 2 операции - 2 шага одной и той же реализации. В таком случае это может рассматриваться как экспорт из РФ и налогообложение НДС по ставке 0% (т.е. трактовка склада ф-ла как места поставки).
Последствия (1) и (2), как Вы понимаете, сильно различаются - поэтому Вам потребуется тщательная проработка ситуации.
Поэтому большое значение будет иметь содержание договора, фактические действия сторон.
Какие документы - читайте приложение № 18 к Договору о Евразийском экономическом союзе - Протокол
о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг.
Там все в красках расписано и для различных ситуаций. Нет смысла все копировать сюда - надо читать первоисточник.