Ндс при оплате юр лицу нерезиденту

Вы - агент НДС. Налог Вы удерживаете из суммы перечисления. В акте НДС должен быть выделен, если услуги Вам оказывает нерезидент на территории РФ и они облагаются НДС. Хорошо бы и прописать в договоре, что стоимость услуг включает НДС по такой-то ставке.

Если акт на сумму 120, то 100 Вы платите поставщику, 20₽ - НДС. 

Я всегда выписывала счёт-фактуру агентскую днем оплаты поставщику, потому что расчеты шли в валюте, и могла возникнуть курсовая разница.

Вы на УСН, при этом, являясь агентом по НДС, должны сдавать декларацию с разделом 2, где показывают агентский НДС за квартал. 

У Вас в книге покупок и продаж будут зарегистрированы Ваши счета-фактуры.

Что касается пропущенных сроков - налоговая, получив декларацию, сверит с фактическими датами уплат и доначисит пени в случае если Вы пропустите сроки.