Сообразила про ваш нюанс.
То есть вы получили предоплату в одном квартале, счф не выставили, НДС не исчислили и не перечислили в бюджет. В этом случае не вижу оснований исключать НДС с предоплаты из налоговой базы по УСН, так как никакого НДС по сути у вас еще нет.
В следующем квартале вы отгрузили и начислили НДС, уплатили его в бюджет. Но налоговая база по УСН, относящаяся к этой отгрузке, была учтена при расчете налога при УСН в предыдущем квартале при получении предоплаты. Предположу, что в этом случае можно уменьшить налоговую базу по УСН на сумму уплаченного в бюджет НДС. Хотя я в этом совсем не уверена. Интересно, какое мнение будет у других коллег, возможно, они имеют информацию именно по этой ситуации.
Самое безопасное в вашем случае - не исключать НДС из расчета налога при УСН. Но в этом случае вы учтете в доходах НДС, который по сути доходом не является, так как вы его уплатили в бюджет.