Вы знаете, в таких ситуациях надо решать индивидуально. В принципе, такие опасения не совсем уж беспочвенны, но похожи на паранойю. Они вообще не имеют дел с поставщиками на ОСНО? Это же абсурд!
Могу набросать несколько вариантов причин, но, повторюсь, надо решать индивидуально.
1. Может, они не хотят работать именно с вами в силу каких-то иных причин, но прикрываются такой формальной, как озвучили.
2. Недостаточная компетентность руководства ООО и отсутвие у них компетентного бухгалтера, который бы пояснил все возможные риски.
3. Они попадали уже на контрагента, который не платил НДС, и имели из-за этого проблемы с налоговой.