НДС и ЛЧМ

1. В случае приобретения ЛЧМ у организации или ИП, являющихся налогоплательщиками НДС, покупатель (за исключением физического лица, не являющегося ИП) будет являться налоговым агентом по НДС вне зависимости от того, исполняет ли он обязанности налогоплательщика, связанные с исчислением и уплатой данного налога, и иные обязанности, установленные главой 21 НК РФ.
Продавец при реализации ЛЧМ налог не исчисляет (не уплачивает в бюджет) и не предъявляет к оплате покупателю, за исключением случая реализации налогоплательщиком физическому лицу, не являющемуся ИП.
В случае реализации ЛЧМ физическому лицу, не зарегистрированному в качестве ИП (не являющемуся налоговым агентом) продавец, являющийся плательщиком НДС, самостоятельно исчисляет и уплачивает налог в бюджет в общем порядке, а также предъявляет налог к оплате покупателю.
При дальнейшей перепродаже ЛЧМ покупателем - плательщиком НДС обязанности по исчислению и уплате в бюджет НДС возникают у нового покупателя (налогового агента), независимо от применяемой им системы налогообложения (за исключением покупателя - физического лица, не являющегося ИП).
2. Покупатель (налоговый агент) определяет налоговую базу с учетом налога (т.е. увеличивает стоимость реализуемого товара на сумму НДС). Далее сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, определяется налоговым агентом расчетным методом с применением ставки 18/118.
В случаях исчисления налога налогоплательщиком-продавцом, предусмотренных положениями главы 21 НК РФ, сумма НДС определяется продавцом по налоговой ставке 18% от цены реализуемого товара без учета налога.
3. Продавец выставляет покупателю (налоговому агенту) счет-фактуру, в котором указывает стоимость товара без учета сумм налога и делает надпись (или ставит штамп): "НДС исчисляется налоговым агентом". Счет-фактура продавца будет являться основанием для исчисления НДС с налоговой базы и для принятия к вычету суммы налога у покупателя (налогового агента). Соответственно, в книге продаж и книге покупок подлежат отражению счета-фактуры продавца.
В случае реализации ЛЧМ физическим лицам, не являющимся ИП, продавец-налогоплательщик предъявляет к оплате покупателю (не являющемуся налоговым агентом) соответствующую сумму налога при реализации (передаче) товаров, а также при получении сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров.
4. В случае приобретения ЛЧМ у продавца, освобожденного от исполнения обязанностей налогоплательщика или не являющегося налогоплательщиком (например у организации или ИП, применяющих специальные налоговые режимы, у физического лица, не являющегося ИП), у покупателя не возникает обязанностей налогового агента по НДС (то есть в данном случае НДС не исчисляется и не уплачивается ни продавцом, ни покупателем). Соответственно, налоговый вычет у покупателя в данном случае не предусмотрен.
При этом продавец, освобожденный от исполнения обязанностей налогоплательщика или не являющийся налогоплательщиком, делает соответствующую запись или проставляет отметку "Без налога (НДС)" в договоре, первичном учетном документе, счет-фактуру не составляет. Если же впоследствии будет установлено, что продавец проставил отметку "Без налога (НДС)", однако не имел на это право или потерял право на применение специального налогового режима, то ответственность за уплату налога возлагается на продавца ЛЧМ.
5. Налоговый агент уплачивает НДС в бюджет по итогам налогового периода (квартала), сумма которого определяется как общая величина налога, исчисленного в отношении ЛЧМ, увеличенная на восстановленные суммы и уменьшенная на суммы налоговых вычетов. Налоговый агент имеет право на налоговый вычет в периоде приобретения ЛЧМ. Таким образом, налоговый агент одновременно с исчислением налога вправе заявить в налоговой декларации по НДС по итогам отчетного квартала соответствующий вычет, то есть фактическое перечисление денежных средств в бюджет по данной операции не производится.
6. В связи с введением с 01.01.2018 изменений в налоговое законодательство по НДС в соответствии с Федеральным законом от 27.11.2017 № 335-ФЗ организации необходимо перезаключить договора (заключить дополнительные соглашения) с покупателями (продавцами) ЛЧМ (сделать оговорку насчет НДС, в случае необходимости скорректировать цены, а также предусмотреть соответствующую запись или отметку "Без налога (НДС)", если продавец освобожден от исполнения обязанностей налогоплательщика и не является налогоплательщиком).
К настоящему времени официальных разъяснений по вопросам применения рассматриваемых положений нами не обнаружено. Приведенные в ответе выводы являются личным мнением.
Напоминаю, что организация вправе обратиться за соответствующими письменными разъяснениями в налоговый орган по месту учета или непосредственно в Минфин России. При возникновении спора наличие персональных письменных разъяснений исключает вину лица в совершении налогового правонарушения на основании пп. 3 п. 1 ст. 111 НК РФ.