Добрый день!
Двойного налогообложения нет, каждый (агент и принципал) платит свой собственный налог за свои собственные доходы.
Вам платят покупатели некоторую сумму, допустим 1 000 руб. Это ваш доход, с которого вы уплачиваете налог. А вознаграждение агента - это плата за его услуги, то есть ваши расходы. Если у вас УСН 6%, то расходы вы не учитываете.
Приведу грубый пример: транспортные услуги. Ваш товар стоит 1 000, если доставка за ваш счет, то вы (условно) добавляете к цене 10% и покупатель платит 1 100 рублей. При этом транспортная компания получает свои 100 рублей (и платит свой налог), а вы платите свой налог с 1 100 рублей, полученных от покупателя. И если вы на УСН 6%, то вы 100 рублей в расходы не включаете. В данном случае вам же не кажется, что имеет место двойное налогообложение 100 рублей?
В случае с агентом заблуждение о двойном налогообложении часто встречается из-за специфики расчетов с агентом: как правило, деньги получает он, а перечисляет на счет принципала сумму уже за вычетом своего вознаграждения. На самом же деле надо понимать, что вознаграждение агента - это ваш расход, который вполне можно учесть, если УСН 15%. А ваша выручка - это полная сумма, уплаченная покупателем.
Надеюсь, понятно объяснила)