Списание товара

На 91 счет - конкретно на расходы, не облагаемые налогом на прибыль

Может и будут, не могу сказать. Но это когда найдут и то, скорее, в части НДС. В расчете налога на прибыль они не участвуют, так что по прибыли вряд ли.

Ну и все тогда, списывайте. Грамотно все оформить не забудьте. Можете не сразу на 91, а через 94, если при инвентаризации потерялись, и потом уже на 91. 

Документально, а не просто проводками в программе)

У меня такое впечатление складывается, что судбьа у этих списанных товаров какая-то криминальная))) Их забрал директор, а Вы сейчас думаете, что Вам с этим делать? Если так, то это его доход и Ваша реализация, вместе со всеми вытекающими налогами и последствиями. Но это налоговикам надо будет доказать, но если надо будет, они обязательно докажут))) Если у Вас форс-мажорные обстоятельства - составляете приказ и прикладываете какие-то подтверждающие документы. Потеряли при инвентаризации - составляете все необходимые для инвентаризации документы.