Система прослеживаемости: если товар купил подотчетник то компания тоже становится участником системы прослеживаемости?

Если подконтрольный товар потребовался в деятельности компании, надо уведомить инспекторов.  Система налогообложения в данном случае не имеет значения.

Если вы направили сотрудника купить технику, например, мониторы, обязательно выпишите ему доверенность, ведь он действует от в данном случае действует от имени вашей компании.
⠀
Продавец должен оформить электронный счет-фактуру или УПД. Такой порядок следует из подпунктов «в» и «г» пункта 13 Положения о национальной системе прослеживаемости.
⠀
Вы же должны обеспечить прием таких документов. Как продавец, так и покупатель должны будут сообщить инспекторам об операции с прослеживаемыми товарами.
⠀
Возможна и другая ситуация, когда работник покупает технику за свой счет, а впоследствии компания возмещает расходы на эту покупку ...  Тут достаточно пробить кассовый чек, счет-фактура или УПД не оформляются.
⠀
Дело в том, что при продаже товаров физлицам для личных нужд прослеживаемость прекращается. Продавец сообщит в налоговую о прерывании прослеживаемости.

В Вашем случае прослеживаемость товаров не прекращается, так как подотчетное лицо приобрело его для предпринимательской деятельсности. При этом Вы как покупательв соответствии со статьей 169 НК РФ должен обеспечить получение электронного счета-фактуры по телекоммуникационным каналам связи через оператора электронного документооборота (Письмо Минфина России от 23.08.2021 № 27-01-22/67650). Сооветственно, Вам придется сдавать отчет о прослеживаемости импортных товаров на общих основаниях.

Да. Сдавать уведомление об остатках, включать в него товар и получать от ФНС номер

Кстати в этом случае, чтобы заполучить регистрационный номер для сообщения о прослеживаемом товаре можно воспользоваться 2мя вариантами:

связаться с продавцом для оформления покупки на компанию. Но тогда потребуется переоформлять документы вплоть до кассового чека.
⠀
2)  обратиться в инспекцию. Вы можете возобновить прослеживаемость — подайте уведомление. Налоговики сами присвоят регистрационный номер партии товара и сообщат вам.
⠀
В общем, лучше всего закупать импортную технику только от имени компании.

Вы не путайте отчет об операциях с другими отчетами, которые к этой прослеживаемости прилагаются.

Отчет об операциях вы подадите, если купили, к примеру, холодильник для офиса, а потом решили его продать на сторону. Тогда будет продажа прослеживаемого товара и, соответственно, отчет по ней.

А если вы купили холодильник, поставили в офисе и там он у вас и стоит и продавать вы его не собираетесь - все время об этом факте отчитываться не надо. Если купили с документами с РНПТ - храните их просто на всякий случай (если понадобится продать, выбросить, утилизировать). Если купили у завхоза дяди Пети по умеренной цене, а раньше этот холодильник у него дома стоял - то подаете уведомление об остатках холодильников, купленных у физлиц без РНПТ, получаете от ФНС РНПТ и опять-таки храните его до тех времен, как понадобитс куда-то деть этот холодильник.

Как-то так )))