Добрый день!
Вы можете от своего поставщика получить письмо с просьбой оплатить ваш долг перед ним его поставщику. Или заключить дополнительное соглашение к договору. В назначении платежа можно дать ссылку на эти документы.
Проводки будут следующие:
Д 76 (фирма, которой вы платите) К 51 – оплата
Д 60 (ваш поставщик) К 76 (фирма, которой вы платите) - закрытие долга
Деньги с расчетного счета ушли, счет 76 по этой фирме закрыт, долг перед вашим поставщиком погашен.
Не вижу проблем с НДС. Ваш поставщик дал же вам накладную, счет-фактуру (УПД). Вы принимаете НДС к вычету.