Как вернуть деньги с отдельных карточек налоговых обязанностей (не с енс)?

Я, естественно, этот вопрос не решу, вы его должны решить с вашей налоговой.

Сейчас проблема в том, что система новая и даже терминология не совсем устоялась, поэтому недопонимание может возникнуть не из-за сути проблемы, а из-за того, что стороны друг друга не очень понимают.

Итак, как работает ЕНС.

На ЕНС отражается ваша совокупная обязанность на основании деклараций, уведомлений или на основании наличия обязанности по уплате налогов (например, взносы ИП за себя). Отражается совокупная обязанность там на дату наступления срока уплаты налога.

Также на ЕНС отражается погашение такой обязанности - ваши платежи и прочие поступления. В вашем случае таким прочим поступлением стала декларация 3-НДФЛ, в котором отражен инвестиционный вычет.

Разница между погашением обязанности (платежи ваши) и совокупной обязанностью - сальдо ЕНС.

Смотрим последовательно. Вы сдали декларацию 3-НДФЛ, по которой сальдо вашего ЕНС должно было увеличиться на 50 000. Далее вы платите 100 000 на ЕНС, итого сальдо равно - 150 000. Вы писали, видимо, заявление на возврат, поэтому вам делают возврат в размере 50 000. В сальдо ЕНС остается 100 000. Вы доплачиваете еще 50 000, сальдо равно 150 000. Кстати, интересно, как вы платили налоги: платежками 02 или ЕНП?

По дате наступления срока уплаты налогов с ЕНС списываются 100 000. Сальдо равно 50 000. Это ваша переплата. Вам не следовало доплачивать еще раз 50 000, в таком случае есть вероятность, что списали бы все, лежащие на ЕНС 100 000 и переплаты не возникло бы. Но это совершенно не значит, что вы безвозвратно лишились 50 000.

В нормально работающей системе эти деньги были бы отражены в виде положительного сальдо ЕНС, и их можно было бы вернуть.

Но, повторюсь, система работает плохо. Вопрос терминологии тоже стоит остро (это я имею в виду термин налоговиков "отдельная карточка налогов физлиц"), система как раз перешла на то, чтобы не разделять налоги ИП и физлиц (хотя не исключаю, что где-то в недрах налоговой они отражены обособленно).  

Итак, вам сейчас следует не требовать получения вычета (вы его получили), а говорить о возврате переплаты/положительного сальдо ЕНС. Если 50 000 отражены на какой-то отдельной карточке (иногда называют это резервом), то их надо поднять на ЕНС и написать заявление на распоряжение положительным сальдо ЕНС путем возврата. Вопрос, как поднять - сложный. Налоговые решают его по-разному. Кто-то пишет заявления в свободной форме, кто-то пробует подавать заявление на отказ от зачета (но это вряд ли сработает, так как зачет не вы делали).

Если появится отрицательное сальдо ЕНС, то верно, что эти деньги должны списаться в счет этого отрицательного сальдо. Но вернуть вы их можете и без появления такого сальдо (тем более, если оно у вас не предвидится).

Мой вас совет, созвониться (или лучше сходить лично) с налоговой и спросить, каким способом деньги можно поднять на ЕНС и вернуть. Тут надо соглашаться на любой способ. Неправда, что это можно сделать только через отрицательное сальдо. Это ваша переплата, вы ей можете распоряжаться.