Вы отвечали в течение всего года критериям МСП?
В зависимости от причины, по которой сведения о компании исключены из реестра МСП, сообщение поступает на рассмотрение в регистрирующий орган, или в ИФНС по месту нахождения организации (месту жительства ИП), или в оба органа сразу. Т.о, порядок таков, что принимать решение все равно будет ФНС (а именно- отделы, отвечающие за ведение ЕГРЮЛ и ЕГРИП и (или) за камеральный контроль отчетности).
Если я правильно вспомнила, то обращению присваивается номер, по которому можно отслеживать его статус в этом же разделе на сайте ФНС
Информацию из обращения налоговики проверят по сведениям из ЕГРЮЛ (ЕГРИП), налоговой отчетности, данным о выданных ИП патентах и т.д. Если инспекторы установят некорректность информации, содержащейся в ЕГРЮЛ (ЕГРИП), или тот факт, что сведения о субъекте МСП ошибочно не были переданы в ФНС для включения в реестр МСП, они должны устранить некорректное отражение данных в своей информационно-аналитической подсистеме.
То есть, косяк мог возникнуть и со стороны регистрирующего органа (в ФНС не передали либо передали некорректно)
Если у Вас есть номер обращения с датой - отследите его статус: если его вообще нет на рассмотрении в ФНС - делайте запрос в орган.
Что с отчётностью: если есть 100% уверенность, что вопрос решится в Вашу пользу и Вы по ошибке исключены, напишите письмо в ФНС об этом с копией Вашего заявления с номером и датой его регистрации.