Агентский договор с физическим лицом

Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 8 февраля 2007 г. N 03-04-06-01/29:
В соответствии с п. п. 1 и 2 ст. 226 Кодекса российские организации и индивидуальные предприниматели, являющиеся источником выплаты доходов налогоплательщикам, признаются налоговыми агентами по налогу на доходы физических лиц и обязаны исчислить, удержать и перечислить в бюджет сумму налога с таких доходов налогоплательщиков.
Исчисление сумм и уплата налога в соответствии со ст. 226 Кодекса производится в отношении всех доходов налогоплательщика, источником выплаты которых является налоговый агент, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляется в соответствии со ст. ст. 214.1, 227 и 228 Кодекса.
Доходы, выплачиваемые физическому лицу в рамках агентского договора о сдаче в аренду нежилого помещения, под действие ст. ст. 214.1, 227 и 228 Кодекса не подпадают.
Таким образом, общество, в соответствии с агентским договором заключившее договор аренды от своего имени, признается налоговым агентом в отношении доходов, выплачиваемых по такому договору физическому лицу. В связи с этим на такое общество в соответствии со ст. 226 Кодекса возлагается обязанность по перечислению в бюджет налога на доходы физических лиц, исчисленного и удержанного с указанных доходов физического лица - принципала.

Что касается второй части вопроса, то есть вот это - Письмо Минфина от 30 сентября 2013 г. N 03-11-06/2/40279, но там речь немного о другом, но на мой взгляд схоже:
в случае если при получении агентом от принципала денежных средств на исполнение агентского договора определить размер агентского вознаграждения не представляется возможным, то вся сумма указанных денежных средств, по нашему мнению, включается в состав доходов, учитываемых при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения. В дальнейшем при определении конкретного размера агентского вознаграждения организация-агент вправе скорректировать полученные доходы на сумму, перечисленную поставщику товаров (работ, услуг), за вычетом суммы своего вознаграждения, которым является экономия, полученная при заключении сделки.

Дополню ответ Романа. Вообще в доходах при расчёте налога УСН должно учитываться только агентское вознаграждение.

Когда учитывать доход в налоге УСН, зависит от способа выплаты вознаграждения. Могут быть такие варианты:

1. Вы удерживаете вознаграждение из полученных от клиента денег. Его размер определён агентским договором. Учитывайте вознаграждение в налоге УСН в день получения оплаты от клиента.
2. Принципал перечисляет вознаграждение отдельно: заранее или по итогам продаж. Учитывайте его в налоге УСН в день получения денег от принципала.
3. Вы удерживаете вознаграждение из полученных от клиента денег, но его размер не зафиксирован в договоре и определяется в отчёте агента. Это самый невыгодный и сложный для учёта способ. При получении оплаты от клиента нужно учесть в доходах УСН всю сумму. Когда принципал утвердит ваше вознаграждение в отчёте агента, откорректируйте доходы. Например, вы получили от покупателя 50 000 рублей, но не знаете размер вашего вознаграждения. В этот день нужно учесть всю сумму в доходах УСН. Потом вы договариваетесь с принципалом, что ваше вознаграждение составляет 5 000 рублей, и подписываете отчёт агента. В этот день внесите в КУДиР корректирующую запись: доход 45 000 рублей со знаком «минус».