Вопрос по договору

На мой взгляд, ситуация неоднозначная.
С одной стороны, во всех документах по сделке НДС выделен. И вы по логике должны выставить акт выполненных работ и счет-фактуру с выделенным НДС. Но, с другой стороны, счет-фактуру вы таки не выставляли заказчику. А упрощенец обязан уплатить НДС в бюджет и отчитаться по налогу при условии выставления счет-фактуры.
Вот нашла Письмо ФНС от 08.11.2016 № СД-4-3/21119@, где сказано, что при указании в госконтракте и в платежке по этому контракту суммы НДС, обязанности по его уплате у исполнителя-упрощенца не возникает.
Но вот прям гарантировать, что проблем с этой сделкой, оформленной такими документами, у вас не будет, по-моему, нельзя.
А что за история? Заказчик тоже не досмотрел и просто оформил типовой договор? Или он рассчитывает на счет-фактуру?

А теперь о том, чем Вам это может грозить. Марина Бух правильно написала, что ситуация неоднозначная. Но все таки она в Вашу пользу. Есть еще совсем старые письма, в которых указано, что платить НДС, выделенный заказчиком в платежном подруги Вы не обязаны, поскольку счет-фактуру с выделенной суммой НДС покупателю не выставляли. Однако успокаиваться и рассчитывать на то, что вы легко все объясните налоговикам, когда они придут к вам с выездной проверкой, не стоит. Все дело в том, что в инспекции, скорее всего, увидят платеж с НДС намного раньше. И хорошо, если инспектор начнет с того, что потребует у вас пояснений. Но он может поступить и иначе. Никогда не знаешь, что от них ждать((.
Обнаружить, что в платежном поручении выделен НДС, инспекция может гораздо раньше, чем соберется к вам с выездной проверкой. Налоговики увидят это при камеральной проверке ваших деклараций за период, в котором прошел платеж с ошибочно выделенным НДС.
Дело в том, что, проверяя ваши декларации, инспекция может запросить у банка выписки с банковских счетов налогоплательщика. В выписке по каждому платежу указывается, в числе прочего, и его назначение, формулировку которого банк переносит из соответствующего поля платежного поручения. При анализе выписки налоговики специально обращают внимание на платежи с НДС. Ведь, не считая выездной проверки, это — единственный способ выявить случаи предъявления НДС теми, кто не является плательщиком этого налога.
Конечно, обнаружить НДС, выделенный в платежке, налоговая может и при выездной или камеральной проверке, проводимой у заказчика. Однако у него в этом случае не окажется вашего счета-фактуры (поскольку вы его не выставляли), и причин заподозрить вас в предъявлении НДС у инспектора не будет.
Обнаружив платеж с НДС, проверяющие решат, что вы выставили покупателю счет-фактуру с выделенным налогом, а значит, должны были заплатить его сумму в бюджет. Кроме того, налоговики считают, что если неплательщик НДС выставил счет-фактуру с НДС, то он обязан подать декларацию по этому налогу. Правда, суды отказываютcя штрафовать за непредставление декларации даже тех спецрежимников, которые действительно выставили счета-фактуры с налогом.
На моей практике никогда еще не было проблем из-за неверного указания назначения платежа в платежке. Но я всегда запрашиваю у контрагента письмо об изменении назначения платежа. Причем некоторые источники пишут, что письмо должно быть направлено и в банк тоже.
Дело в том, что некоторые банки ограничиваются только отметками на письме плательщика, принимая изложенную в нем информацию к сведению, но не изменяя назначение платежа в своих документах. Тогда в выписке, которую получит от банка налоговая, будет фигурировать первоначальное назначение платежа с ошибочным НДС. В таком случае нужно приложить к декларации полученный от банка документ.

На сколько я понимаю что по хорошему мне нужно переподписать договор с указанием суммы без НДС и получить от заказчика письмо об ошибочном указание НДС в платежке. Но возникает другой вопрос, теперь получается ессли я с этим прийду к заказчику так он может(а быстрее всего потребует от меня вернуть эти 20% от стоимости заказа, а как бы не хотелось так делать а то стоимость заказа и так со скидкой была. А также не вызовут подозрения возврат денег,и прочие действия?

PS. На соседнем форуме написали, то что заказчик не уточнил у меня являюсь ли я плательщиком НДС это как бы его проблемы, и то есть его заставят оплатить еще раз НДС но уже с этой суммы которая у меня указана в договоре с НДС. На сколько это правда?